Bu programda yüksek lisans yeterliliklerine dayalı olarak öğrencinin alanındaki mevcut bilgileri özgün şekilde düşünme ve araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirebilme becerisi kazanması, alanıyla ilgili çalışmalarda araştırma metot ve yöntemlerini kullanabilmede üst düzey beceriler kazanması, yeni ve karmaşık fikirleri analiz edip sentezleyerek sistematik bir yaklaşımla değerlendirebilmesi, alanında bilimsel ve eğitimsel faaliyetlerde bulunması hedeflenmektedir.
Programın diğer bir amacı bilgi sistemleri alanında derin teorik ve pratik bilgiye sahip, yüksek nitelikli, işgücü piyasasında rekabetçi, yeni bilimsel görevler belirleyip gerçekleştirebilen, çeşitli teorik ve deneysel araştırmaları ve yenilikçi projeleri yönetebilen mesleki yeterliliğe sahip doktora öğrencilerinin yetiştirilmesidir.