Исследовательские направления Научно-исследовательского института тюркологии ориентированы на комплексное изучение языка и литературы тюркских народов, их истории и культуры, археологического и письменного наследия, этнографии и фольклора. В своей научной деятельности институт рассматривает тюркологию, филологию, историю, археологию и культурологию во взаимосвязи, уделяя особое внимание научному изучению исторического и духовного наследия тюркской цивилизации.
В рамках деятельности института исследуются вопросы формирования и развития тюркских языков, литературного наследия и фольклорных произведений, древнетюркских и средневековых письменных памятников, историко-культурных связей, этнографических ценностей, а также религиозно-духовного мировоззрения. Кроме того, на основе археологических раскопок и междисциплинарных исследований в научный оборот вводятся древние города, памятники материальной культуры, древние рукописи и редкие архивные фонды.
Научно-исследовательская деятельность института направлена на развитие международного научного сотрудничества, совершенствование теоретико-методологических основ тюркологии, а также сохранение и популяризацию общего культурного наследия тюркских народов. С этой целью организуются международные конгрессы, научные конференции и семинары, реализуются совместные исследования с отечественными и зарубежными учеными.