Институт систематически работает с рукописями на арабском, персидском, казахском и чагатайском языках, хранящимися в архивных фондах. Подготавливаются научные описания редких книг и древних рукописей, которые становятся объектом исследования. Проводится работа по сбору, сохранению, систематизации и введению в научный оборот рукописей и исторических материалов, связанных с тюркологией. Также охватываются вопросы чтения древних текстов, их транскрипции, перевода и текстологического анализа.