Türkoloji Araştırma Enstitüsünün araştırma alanları, Türk halklarının dili ve edebiyatı, tarihi ve kültürü, arkeolojik ve yazılı mirası, etnografyası ve folklorunun kapsamlı biçimde incelenmesine yöneliktir. Enstitü, bilimsel faaliyetlerinde Türkoloji, filoloji, tarih, arkeoloji ve kültürel çalışmalar alanlarını birbiriyle bağlantılı şekilde ele almakta; Türk uygarlığının tarihî ve manevi mirasını bilimsel açıdan araştırmayı temel hedef olarak benimsemektedir.
Enstitü bünyesinde Türk dillerinin oluşumu ve gelişimi, edebî miras ve folklor ürünleri, eski ve orta çağ Türk yazılı anıtları, tarihî-kültürel ilişkiler, etnografik değerler ile dinî ve manevi dünya görüşü konuları araştırılmaktadır. Ayrıca arkeolojik kazılar ve disiplinlerarası araştırmalar temelinde eski şehirler, maddi kültür anıtları, eski el yazmaları ve nadir arşiv koleksiyonları bilim dünyasına kazandırılmaktadır.
Enstitünün bilimsel araştırma faaliyetleri, uluslararası bilimsel iş birliğini geliştirmeye, Türkoloji biliminin teorik ve metodolojik temellerini güçlendirmeye, ayrıca Türk halklarının ortak kültürel mirasını koruyup tanıtmaya yöneliktir. Bu amaçla uluslararası kongreler, bilimsel konferanslar ve seminerler düzenlenmekte; yerli ve yabancı bilim insanlarıyla ortak araştırmalar gerçekleştirilmektedir.